Kimihiro Watanuki, lycéen, a depuis toujours la capacité de voir les esprits. Constamment piétiné, bousculé et harcelé par des ectoplasmes qu'il semble attirer, il souhaite plus que tout se débarrasser de ce don gênant.
Un jour, alors qu'il est poursuivi par un esprit, Kimihiro entre par mégarde dans une étrange maison, coincée entre deux immeubles. C'est dans cette singulière boutique qu’il rencontre Yūko Ichihara, sorcière qui se révèle être en mesure de le libérer de ce don qu’il déteste tant.