Mamoru-kun ni megami no shukufuku wo! est centré sur la vie de Mamoru Yoshimura, un jeune très intelligent accepté à un prestigieux lycée pour étudiants avec le pouvoir de « Béatrice ». Il rencontre la mystérieuse Ayako Takasu tout de suite lors de son premier jour au lycée ; elle est une étudiante jolie et populaire dont les pouvoirs Béatrice dépassent ceux de beaucoup d'autres, lui donnant le surnom de « Ange de la mort de Béatrice ». Peu après Ayako lui sourit, chose rare pour elle, et dit être amoureuse de Mamoru, quoiqu'elle ne l'avait jamais rencontré auparavant. ce même jour, il rejoint le conseil des étudiants en tant qu'assistant d'Ayako et y commence à apprendre les dangers et les mystères du pouvoir de Béatrice.